生物质燃料的环境效益主要体现在以下几方面：
1、生物质燃料代替煤等常规能源，能减少大气污染物的排放量，有效改善城乡空气环境质量。生物质燃料中硫的含量不到煤炭的1/10，其替代煤燃烧能有效地减少大气中二氧化硫的排放量;由于生物质在燃烧过程中排出的CO2与其生长过程中光合作用中所吸收的一样多，所以从循环利用的角度看，生物质燃烧对空气的CO2的净排放为零。
2、燃烧后的固体废物可综合利用
灰分可以回收做钾肥，实现"秸秆—燃料—肥料"的有效循环。
3、合理处理废弃的农作物，降低对环境的影响
仅秸秆而言，我国每年农作物秸秆产重约为7.06亿千吨。若秸秆等废弃的农作物自然腐烂，将产生大量的甲烷，通常认为甲烷气体的温室效应是二氧化碳的21倍。将废弃的农作物做成燃料，既变废为宝，节约资源，又可减排温室气体，保护环境。
国家鼓励这样的环保企业发展，因为它很好滴实现了变废为宝、就地取材、就地生产，并具备节能、环保等多种功效特点。
目前我国还存在着生物质燃料生产的工艺等问题制约着我国可持续经济的发展。对缓解我国能源紧张和环境污染具有重大意义，因此这个行业的发展还是有很大空间的。